| 澎湖縣家畜疾病防治所前身為民國42年由台灣省政府農林廳、農復會補助創設之「澎湖縣家畜疾病診斷所」，當時之工作人員由縣府畜產課人員訓練後兼任，47年更名為「家畜疾病診治所」，其後經多次修改，並納編自民國43年起由農復會在豬瘟防治計畫項下補助各縣市政府雇用之臨時家畜防疫員；民國55年組織規程由原來農林廳主稿方式改為由人事處主稿並公佈「台灣省縣市(局)家畜疾病防治所組織規程」，57年2月14日報備核准成立，並正式定名為─澎湖縣家畜疾病防治所。
初創之各縣市家畜疾病診治所編制員額最多為5人，均為兼任。民國55年修正為家畜疾病防治所後，所長、技士、技佐均為專任職員，並納編「豬瘟防治計畫」下雇用之臨時家畜防疫員。省府核定員額採用分級編制，初核訂之本縣預算員額計4名為所長1人、技士1人、技佐2人，至民國60年，省府同意增加技士之預算員額，為技士2人但不分股，民國75年組織規程修正加入水產動物疾病防治之工作項目，編制仍維持5人。民國86年本省全面爆發口蹄疫，防疫人員明顯不足，經多次之檢討並配合地方制度法施行後各縣市應制訂各機關組織規程，乃在90年1月制定頒佈「澎湖縣家畜疾病防治所組織規程」增加編制，目前為所長1人、技士兼股長2人、技士2人，技佐2人，並分股辦理各項防疫和行政工作。
民國57年成立後首任所長為張樹，第二任所長劉庚秋，從62年起以原職畜產課長兼代理所長，並自65年3月正式派任至民國83年退休，現任所長郭仁政自83年11月1日接任至今。防治所成立之初原在馬公市水源路4號借用縣農會房舍辦公，後因本縣家畜禽飼養頭數劇增，家畜防疫業務日益繁重，原有之辦公處所不敷需求，乃另覓地興建辦公室與專屬之實驗室。66年12月3日興工建築，67年7月12日竣工，同年10月遷入，二層樓總面積為434?4平方公尺，興建經費為65萬1600元，現址編訂為馬公市西文里118之1號。為豬病防疫辦理豬瘟清除計畫，本所另設置檢疫豬舍一處共豬舍5棟及管理室1棟，位於西文里96-5號。另於民國88年籌設興建完成本縣流浪之收容中心一處犬舍2棟，位於馬公市烏崁里260號，佔地1788?71平方公尺，以提昇動物保護形象改善流浪犬收容管理。
現有承辦業務包括家畜禽水產動物疾病防治、畜禽水產品公共衛生管理、野生動物防疫、動物保護及流浪犬收容管理、畜禽產品走私處理等業務。現階段之重大推動工作為口蹄疫撲滅與清除工作。
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