設置宗旨
為確保本縣家畜禽及水產動物健康,防止疾病蔓延,提高其產品衛生,並加強公共衛生安防止人畜共通傳染病之發生而設置本所。

本所簡介
澎湖縣家畜疾病防治所前身為民國42年由台灣省政府農林廳、農復會補助創設之「澎湖縣家畜疾病診斷所」，當時之工作人員由縣府畜產課人員訓練後兼任，47年更名為「家畜疾病診治所」，其後經多次修改，並納編自民國43年起由農復會在豬瘟防治計畫項下補助各縣市政府雇用之臨時家畜防疫員；民國55年組織規程由原來農林廳主稿方式改為由人事處主稿並公佈「台灣省縣市(局)家畜疾病防治所組織規程」，57年2月14日報備核准成立，並正式定名為─澎湖縣家畜疾病防治所。 
初創之各縣市家畜疾病診治所編制員額最多為5人，均為兼任。民國55年修正為家畜疾病防治所後，所長、技士、技佐均為專任職員，並納編「豬瘟防治計畫」下雇用之臨時家畜防疫員。省府核定員額採用分級編制，初核訂之本縣預算員額計4名為所長1人、技士1人、技佐2人，至民國60年，省府同意增加技士之預算員額，為技士2人但不分股，民國75年組織規程修正加入水產動物疾病防治之工作項目，編制仍維持5人。民國86年本省全面爆發口蹄疫，防疫人員明顯不足，民國87年起又新增動物保護業務，經多次之檢討並配合地方制度法施行後各縣市應制訂各機關組織規程，乃在90年1月制定頒佈「澎湖縣家畜疾病防治所組織規程」增加編制，目前為所長1人、股長2人、技士3人，技佐1人，並分動物防疫股及獸醫行政股辦理各項防疫和行政工作。

民國57年成立後首任所長為張樹，第二任所長劉庚秋，從62年起以原職畜產課長兼代理所長，並自65年3月正式派任至民國83年退休，第三任所長郭仁政自83年11月1日正式派任至109年6月退休，現任所長吳靜芷於109年6月18日接篆視事。防治所成立之初原在馬公市水源路4號借用縣農會房舍辦公，後因本縣家畜禽飼養頭數劇增，家畜防疫業務日益繁重，原有之辦公處所不敷需求，乃另覓地興建辦公室與專屬之實驗室。66年12月3日興工建築，67年7月12日竣工，同年10月遷入，二層樓總面積為434.4平方公尺，興建經費為65萬1,600元，現址編訂為馬公市西文里118之1號。為豬病防疫辦理豬瘟清除計畫，本所另設置檢疫豬舍一處共豬舍5棟及管理室1棟，位於西文里96-5號。另鑒於新興動物傳染疫病不斷浮現及為因應新增動物保護及流浪犬管理業務，於88年擴建會議室及犬貓疾病診療室等，擴建經費165萬元，新增面積122.22平方公尺，擴建後總面積合計556.62平方公尺，同年籌設興建完成本縣流浪犬收容中心一處犬舍2棟，位於馬公市烏崁里260號，佔地1788.71平方公尺。又為因應零撲殺政策及舊有收容所設備及建物老舊，收容空間嚴重不足，再於106年向行政院農業委員會爭取4,267萬594元經費補助，本縣自籌1,066萬7,648元，合計總經費新台幣5,333萬8,242元整，新建位於原址南側烏崁里261號，建築物面積961.43平方公尺之新收容所，並結合舊有收容所及周邊撥用之國有土地，合併建造一處具有充足收容空間之動物飼養區及方便操作管理及作業區，使烏崁收容所成為除了符合動物福利之動物留置場所外，並進一步營造具有教育、休閒、療癒等多功能完整之「動物生命教育園區」，全園區佔地4912平方公尺，已於109年8月18日開幕啟用，以提昇動物保護形象改善流浪犬收容管理。

現有承辦業務包括家畜禽水產動物疾病防治、畜禽水產品公共衛生管理、野生動物防疫、動物保護及流浪犬收容管理、畜禽產品走私處理等業務。現階段之重大推動工作為傳統豬瘟撲滅與清除工作。

未來展望 
外來傳染病之預防：加強活動物輸入之檢疫與追蹤，畜產品之安全管制，非法走私畜產品及動物之制止，防止海外惡性傳染病之侵入。 
疾病診斷之繼續教育：本縣缺乏獸醫專業人員，因之提昇檢驗診斷之時效與準確性，避免複雜疾病之危害，實屬重要。 
本縣新興與特殊事業之輔導：養羊，養鹿，養牛及箱網養殖業， 在本縣具有相當特色或深具發展潛力，這些項目正需加強疾病診 斷之能力及新發現疾病之研究與預防。 
加強公共衛生工作：人畜共通傳染病之檢除、預防，用藥指導與 管制，以提昇畜產品品質形象；對日益增加之伴侶動物潛在疾病施予調查與監視，防患疾病傳入。 
野生動物保育與急救：獸醫醫學中，野生動物診療原就是專業並 受重視的一個科別，在動物保育受重視的時刻，防治所也需要共同努力，積極參與，將專業的醫療及疾病知能提供為保育工作的 後勤支援。