（一）豬隻疾病防治，輔導疫苗注射生物安全防疫觀念，並受理豬場消毒服務申請。
（二）家禽疾病防治，輔導疫苗注射生物安全防疫觀念，並受理禽場消毒服務申請。
（三）水產動物疾病防治，輔導業者定期做池水消毒、清池等生物安全防疫觀念。
（四）受理輸出入澎湖豬隻動物相關文件申請。
　　　1.受理豬隻輸出健康證明申請及核發防疫標示。
　　　2.受理輸入澎湖飼養用豬隻隔離檢查申請，並安排隔離檢查日期。
　　　3.查核肉品市場屠宰偶蹄類動物免疫證明相關文件。
（五）受理家畜、禽及水產動物疾病檢查診斷及後送檢驗等。
（六）野生動物疾病診治與急難救助。

（一）動物用藥品管理
　　　1.查驗取締各動物用藥使用及販賣場所之藥品，維護藥品品質安全。
　　　2.定期執行雞肉及羊乳抽樣檢測防止藥物不當使用，保障消費者食用衛生安全。
　　　3.受理動物用藥販賣業者許可申請。
（二）獸醫診療機構開業執照及獸醫師執業執照核發。
（三）寵物繁殖買賣業管理。
（四）寵物疾病、寵物管理，及狂犬病預防注射。
（五）動物保護宣導及查核取締。
（六）流浪犬捕捉收容管理。